Santé intestinale et microbiote : renforcer naturellement la flore intestinale

Parfois, le ventre se manifeste discrètement : des ballonnements qui persistent. Une sensation de lourdeur après les repas. Ou la digestion ne fonctionne plus de manière aussi fiable qu'avant. Beaucoup de personnes ne savent alors pas par où commencer.

Votre microbiote intestinal – l'ensemble des micro-organismes dans l'intestin – joue à cet égard un rôle central. Une alimentation équilibrée et variée, telle que recommandée par la Société Suisse de Nutrition, soutient la digestion, le système immunitaire et le bien-être. ^[1] La recherche sur le microbiote évolue de manière dynamique ; de nombreux liens continuent d'être étudiés. 

Cet article vous montre une démarche structurée : de l'identification des signaux à la compréhension des liens, jusqu'à des mesures concrètes au quotidien – et quand un accompagnement spécialisé est pertinent.

Étape 1 : quand la flore intestinale a-t-elle besoin de soutien ?

Ces signaux peuvent indiquer un déséquilibre de la flore intestinale : ^[2]

• Ballonnements persistants ou sensation de lourdeur après les repas
• Selles irrégulières (alternance de diarrhée et de constipation)
• Troubles après un traitement antibiotique
• Fatigue ou infections fréquentes sans cause évidente

Les symptômes sont souvent non spécifiques et difficiles à cerner ; les causes sont souvent multifactorielles. 

Étape 2 : qu'est-ce que le microbiote intestinal et pourquoi est-il si important ?

Dans l'intestin vivent des milliards de micro-organismes – bactéries, champignons et autres micro-organismes. ^[2] La plupart sont utiles : ils aident à valoriser les aliments, produisent des vitamines et renforcent les défenses immunitaires. On appelle cet ensemble de tous les habitants de l'intestin le microbiote. Si cet équilibre se dérègle – donc si les bactéries utiles diminuent – on parle d'une dysbiose. Le terme dysbiose décrit un équilibre microbien modifié, mais n'est pas un diagnostic clinique clairement défini. 

Ce qui peut perturber l'équilibre :

• Antibiotiques : ils détruisent non seulement les bactéries pathogènes, mais aussi les bactéries intestinales utiles. Cela peut perturber la flore intestinale temporairement ou plus longtemps. ^[8]
• Alimentation déséquilibrée : si l'on mange peu de légumes, de fruits ou de produits complets, on prive les bactéries intestinales de leur principale source de nourriture. ^[3]
• Stress chronique : l'intestin et le cerveau sont directement reliés via des voies nerveuses – ce qu'on appelle l'axe intestin-cerveau. Un stress prolongé influence donc aussi la digestion. ^[9]
• Infections intestinales : certains agents pathogènes peuvent altérer durablement l'équilibre de la flore intestinale.

Étape 3 : renforcer la flore intestinale – ce qui aide vraiment au quotidien

Pour une flore intestinale saine, il ne faut souvent pas de changements radicaux. Ces approches sont bien documentées :

Fibres alimentaires : nourriture pour les bonnes bactéries intestinales

Les fibres alimentaires (aussi appelées fibres) sont des fibres végétales que l'être humain ne peut pas digérer lui-même – mais les bactéries intestinales utiles, oui. Elles favorisent la diversité de la flore intestinale. De bonnes sources sont les légumes, les fruits, les produits complets et les légumineuses comme les lentilles, les pois chiches et les haricots. La Société Suisse de Nutrition recommande au moins 30 g de fibres alimentaires par jour. ^[4]

Important lors de l'augmentation de l'apport en fibres : augmentez l'apport progressivement et buvez en même temps davantage d'eau – au moins 1,5 litre par jour. Une augmentation brusque sans apport suffisant en liquide peut entraîner des ballonnements ou une constipation.

Prébiotiques : nourrir de manière ciblée les bonnes bactéries

Les prébiotiques sont un type particulier de fibres alimentaires qui nourrissent de manière ciblée les bactéries intestinales utiles. On peut les considérer comme un « engrais » pour les bons habitants de l'intestin. ^[7] Sources naturelles :

• Chicorée et artichauts (contiennent de l'inuline, un prébiotique bien connu)
• Ail et oignons
• Asperges et poireaux
• Flocons d'avoine (contiennent du bêta-glucane, une fibre soluble)

Aliments fermentés : des bactéries vivantes issues de la cuisine

Lors de la fermentation, des bactéries utiles vivantes apparaissent, appelées bactéries lactiques. Elles peuvent soutenir directement le microbiote. Facile à intégrer au quotidien :

• Yogourt nature (sans sucre ajouté ; sur l'emballage, chercher « avec des cultures vivantes »)
• Kéfir (boisson lactée fermentée, légèrement acidulée)
• Choucroute (chou blanc fermenté – de préférence non cuite du rayon frais, non pasteurisée)
• Kombucha (thé fermenté ; les preuves scientifiques sur l'effet sur la santé sont limitées et dépendent du produit)
• Kimchi (légumes fermentés coréens)

Les recommandations nutritionnelles suisses recommandent de choisir des aliments le moins transformés possible – le yogourt nature en est un bon exemple. ^[1]

Activité physique et réduction du stress : bon pour l'intestin et l'esprit

Une activité physique régulière et des pauses conscientes ont un effet positif sur la santé intestinale – car l'axe intestin-cerveau réagit de manière sensible au stress chronique. Les recommandations suisses en matière d'activité physique (hepa.ch, portées par l'OFSP, l'OFSPO et Promotion Santé Suisse) recommandent aux adultes au moins 150 minutes d'activité physique d'intensité modérée par semaine. Cela correspond par exemple à cinq fois 30 minutes de marche rapide, de vélo ou de jardinage. Nouvelle règle : chaque mouvement compte – même de courtes séances sont meilleures que rien. ^[5]

Probiotiques : prendre de manière ciblée des bactéries utiles

Les probiotiques sont des préparations (gélules, poudre, gouttes) ou des aliments qui contiennent des micro-organismes vivants utiles. L'objectif est de renforcer directement la flore intestinale. Point décisif : l'effet est spécifique à la souche – cela signifie que toutes les bactéries n'aident pas pour chaque problème. Différentes espèces bactériennes agissent sur différents troubles. Tous les produits disponibles dans le commerce ne sont pas testés cliniquement. Les preuves, le dosage et la durée d'utilisation varient selon la souche et l'indication. 

Trois exemples bien documentés dans la recherche : ^[6]

• Lactobacillus rhamnosus GG – une bactérie lactique particulièrement bien étudiée en cas de diarrhée après antibiotiques
• Bifidobacterium longum – une souche bactérienne utilisée en cas de troubles du côlon irritable (douleurs abdominales récurrentes et ballonnements sans cause claire)
• Saccharomyces boulardii – pas une bactérie, mais une levure (un champignon unicellulaire). Avantage : elle survit à un traitement antibiotique en cours et peut être prise en même temps

Important : tous les produits probiotiques de droguerie ne sont pas étudiés de la même manière. Des professionnels en pharmacie aident à sélectionner des produits appropriés et vérifient si un bilan médical est indiqué.

Chez les personnes sévèrement immunodéprimées ou les patients en état critique, la prise ne devrait se faire qu'après avis médical. 

Étape 4 : quand un accompagnement spécialisé est-il pertinent ?

Parfois, les mesures du quotidien ne suffisent pas. Dans ces situations, un échange avec un spécialiste est recommandé :

• Symptômes qui ne s'améliorent pas après 2 à 4 semaines malgré une adaptation de l'alimentation
• Troubles digestifs après une antibiothérapie
• Incertitude lors du choix de probiotiques
• Antécédents connus tels que côlon irritable, maladie de Crohn ou rectocolite hémorragique

Un accompagnement individuel fait ici la différence – avec du temps pour vos questions et des solutions adaptées au quotidien.

Tests du microbiote et thérapies spécifiques

Tests du microbiote : utiles ou non ?

Certains laboratoires proposent des tests de selles permettant d'analyser la composition de sa propre flore intestinale. De tels tests peuvent fournir de premières indications – mais ils ne remplacent pas un entretien médical. Les résultats doivent être interprétés par un spécialiste, car ce qui est considéré comme « normal » varie fortement d'une personne à l'autre. Les tests commerciaux sans accompagnement médical sont donc interprétables de manière limitée. Pour beaucoup des paramètres mesurés, il n'existe actuellement pas de valeurs de référence cliniques clairement validées, et la signification clinique de certains résultats est souvent peu clairement définie. 

Transplantation de selles (FMT) : une thérapie pour les cas graves

Lors de la transplantation de selles (médicalement : transfert de microbiote fécal, FMT), une flore intestinale préparée d'un donneur sain est transférée à une personne malade. L'objectif est de restaurer une flore intestinale sévèrement perturbée.

Cette thérapie n'est pas destinée aux troubles intestinaux généraux. En Suisse, elle est spécifiquement autorisée pour les infections intestinales graves et récidivantes dues à la bactérie Clostridioides difficile – un germe qui peut s'installer après des traitements antibiotiques et provoquer des diarrhées tenaces et dangereuses. Seule une médecin ou un médecin décide si cette thérapie est envisageable.  La réalisation a lieu exclusivement dans des centres spécialisés, selon des exigences réglementaires et infectiologiques strictes. Le Centre hospitalier universitaire vaudois Lausanne (CHUV) exploite l'un des rares centres FMT spécialisés de Suisse. ^[10]

Questions fréquentes sur la santé intestinale et le microbiote